尿毒症的患者虽然肾脏功能出现严重的衰竭，肾脏形态学已经明显缩小，但是肾脏还是有少许的残余肾功能，可以排出少量的尿液。所以少数尿毒症的患者，还是可以出现肾脏有疼痛感的。
尤其是对于多囊肾的患者，由于肿大的囊肿数目比较多、体积比较大，所以经常会出现有疼痛感。
如果囊肿出现自发性的破裂，或者挤压引起破裂，疼痛感就会更加明显，甚至会引起发热、血尿。除此以外，慢性梗阻性肾病的患者，如果肾积水比较严重，也会导致患者有疼痛感。
如果是因为肾小球肾炎导致的尿毒症，不会出现疼痛感。如果出现有疼痛感，要及时的检查，明确引起疼痛的各种原因。