目前关于肾囊肿确切的病因并不是非常的清楚。
目前认为绝大多数肾囊肿是属于非遗传性的疾病，只有极少数肾囊肿是遗传性的疾病，主要是由于常染色体显性遗传。
肾囊肿的发生可能是与肾小管憩室发展有关系，随着年龄的增长远曲小管和集合管憩室增加形成囊肿。肾囊肿多见于中老年患者，尤其是50岁以后的患者肾囊肿的发生率越来越多。
通常肾囊肿并没有明显的临床症状，一般对于比较小的囊肿并不需要治疗，也没有药物治疗，主要是定期的进行随访观察囊肿增长的速度。对于比较大的肾囊肿，比如直径大于5厘米以上可以选择手术治疗。