腺样囊性癌的病理变化过程是肿瘤细胞呈现浸润性生长，肿瘤向表面突出不明显。
镜下可见肿瘤细胞主要为导管上皮细胞和变异的肌上皮细胞，导管上皮细胞多为立方状，细胞大小比较一致，胞浆少，变异的肌上皮细胞多为扁平状或梭形，肿块内可见筛孔状囊样腔隙，筛孔内可以见到黏液样物质，不均匀，在肿瘤间质内可以见到玻璃样变。
腺样囊性癌为恶性肿瘤，一般生长缓慢，病程比较长，侵袭性比较强，容易向周围的组织、血管、神经浸润，手术后容易出现复发。