可以导致龟头炎发生的病原体种类较多，针对龟头炎的治疗，首先应该行分泌物涂片及细菌培养来确定是什么病原体导致的感染，并且同时行药物敏感实验，针对病原体选择敏感的抗生素对症治疗。
对于革兰阳性球菌所导致的龟头炎，一般可以选用庆大霉素、卡拉霉素等药物；对于滴虫性包皮龟头炎的患者，一般首选甲硝唑、替硝唑等药物治疗；对于白色念珠菌感染所导致的包皮龟头炎，常用抗真菌的药物，伊曲康唑或者是骨霉素等治疗。
此外还可以局部应用抗炎抗菌的软膏涂抹在龟头上同时治疗。