由于目前没有特效的抗病毒药物，尖锐湿疣的治疗必须采用综合治疗。虽然该病的治疗疗程较长，且治疗当中时有复发，但是只要坚持进行合理的治疗，最终绝大多数都可以治愈。
对于单发，面积小的湿疣可手术切除，而对巨大尖锐湿疣，可用Mohs手术切除。手术时用冷冻切片检查是否切除干净，还可利用零下196度低温的液体氮，采用压冻法治疗尖锐湿疣，促进疣组织坏死脱落。
还可用二氧化碳，激光烧灼法治疗尖锐湿疣，还可采用高频电针或电刀切除湿疣，可肌肉内或局部注射干扰素、胸腺肽、卡介菌多糖核酸、聚肌胞等药物增强免疫力。