在急性期百草枯中毒以后，首先肺泡会出现水肿、炎症反应性渗出、出血。随即会出现大面积肺细胞，尤其是纤维上皮细胞坏死、脱落，细胞凋亡、变形。此时，会出现一系列的病理生理学的改变。
在百草枯中毒以后，主要侵犯的器官是肺脏、心脏、大脑，这些器官中又以肺脏为主，所以此时要尽量更好保护肺组织，避免受到进一步的感染。
百草枯中毒以后，主要会因为氧自由基大量释放，导致肺细胞的破坏，所以不但会造成肺纤维化，更容易出现呼吸衰竭。