肛窦呈开口向上的漏斗状的凹陷小窝，经常会有粪渣和异物进入肛窦内，导致肛窦感染。尤其是在大便干结时，由于质硬粪块摩擦肛窦，造成细菌感染，引发肛窦发炎。
由于刚起病时感染轻，症状不明显，常常容易被人忽视，得不到及时、有效、规范的抗感染治疗，使炎症日益加重，就会导致许多肛肠疾病的发生，如肛门直肠周围脓肿、肛乳头炎、肛瘘等。
因此肛窦炎危害还是很大的，积极治疗肛窦炎，对于预防许多肛肠疾病的发生具有重要的意义。平时应该注意清洗肛门，合理饮食。