胎儿一旦出现心内膜垫的缺损，有可能是母体在怀孕期间，服用一些药物导致的副作用，以及接触一些放射性的物质。还可能是当地的空气污染、水污染、土壤污染和遗传因素等，都会导致这种情况出现。
所以一旦出现胎儿心内膜垫缺损，首先应该及时地前往医院，通过心电图、心脏彩超来明确心内膜垫缺损的原因、部位以及严重程度再决定下一步的治疗。
在治疗上主要是以外科手术治疗为主。通过手术矫治畸形来修补缺损，这样可以达到正常生理结构的目的。做完手术后还应该做好定期的复查。