脑血栓不会导致小脑萎缩，但是脑血栓的患者，可以同时伴有小脑萎缩存在。脑血栓和小脑萎缩，它的发病机理是不一样的。
脑血栓是在脑血管动脉硬化的基础上形成了血栓，导致脑血管的血流完全中断，脑组织的缺血性坏死，所以脑血栓发病比较急。
而小脑萎缩是一种缓慢发病的过程，是由于小脑的血管动脉硬化，小脑长期缺血而导致的脑组织体积缩小、脑室扩大，所以小脑萎缩是一个缓慢的过程。脑血栓可以伴有小脑萎缩存在，但是脑血栓本身，并不会导致小脑萎缩发生。