女性小便刺痛的常见原因，是尿道内致病菌滋生引起，尿液对充血、水肿的尿道黏膜刺激，而引起刺痛不适感觉。常见的致病菌是大肠杆菌，卫生护理不好是致病菌滋生的常见诱因。
不洁性行为，或者女性患有妇科炎症，也可引起小便刺痛的感觉。由于女性的尿道和阴道开口位置邻近，来自阴道内的分泌物以及致病菌，对尿道口污染刺激也可导致小便刺痛感。
可结合尿液常规化验、阴道内分泌物化验检查，根据检查结果提示，可明确尿道刺痛的疾病诱因。