一般脂肪栓塞综合征并没有明确的药物能够溶解脂肪栓子，所以在治疗的时候主要是对症治疗为主，也就是出现了什么症状，出现了什么系统的问题，就采取相应的药物来进行治疗。
脂肪栓塞综合征主要是涉及到呼吸系统的症状、中枢神经系统的症状以及全身症状。如果出现呼吸系统的症状，可以采取抗感染、化痰、平喘、改善通气等药物来进行治疗，严重的时候是需要住院系统治疗的。如果出现中枢神经系统症状可以进行脑部的镇静、降温，促进脑部血液循环的药物来进行治疗。如果比较严重的，也需要上医院进行系统的治疗。
如果涉及到出现凝血机制障碍、贫血或者是肾功能衰竭等其他系统器官的症状，要相应地采取各种药物来治疗，常用的比如抗凝的药物、扩容的药物以及保护肾脏功能的药物等。