肛瘘是肛周脓肿的后遗症，所以肛瘘是由肛周脓肿导致。
肛瘘发生的过程是肛隐窝内的肛腺发生了感染。炎症顺着肛腺导管逐渐扩散蔓延至肛门周围的组织内，直至肛周皮下，形成肛周脓肿。
肛周脓肿的炎性包块化脓后，表面皮肤破溃，脓液流出。脓腔逐渐愈合、收敛，直至形成肛瘘的外口。而感染的部分形成肛瘘的瘘管，内口位于肛隐窝处。
综上所述，肛瘘的发病原因就在于肛隐窝处发生了感染。所以要想避免发生肛瘘，就要保证肛隐窝处不受到损伤，细菌不进入到肛隐窝即可。所以，在日常生活中要避免便秘及腹泻，从根源上杜绝肛瘘的发生。