藿香正气水一般不用来治疗咳嗽。这种药物的主要功效为温化脾胃湿浊，能芳香开窍，并可辛温散寒，其主入脾胃经，对暑伤湿滞引起的脾胃不适、头晕头痛、脘腹胀满、呕吐泄泻等症有良好治疗作用。
而治疗咳嗽用药需主入肺经，所以不适合服用藿香正气水治疗咳嗽。
如患者咳嗽是因外感风热犯肺，而引起咳嗽症状，并症见发热、头痛、咽喉肿痛、口咽干燥等，可服用银翘解毒片或双黄连口服液等这类药物进行治疗，同时需注意饮食上应忌食辛辣生冷食物。