下丘脑性闭经可以发生于原发性闭经，也可以发生于继发性闭经。
原发性闭经，有低促性腺激素性性腺功能减退，病因是源于下丘脑和垂体。由于生理性或体制性的青春期延迟是这一行原发性闭经的最常见的原因。由于GnRH脉冲产生延迟引发发育延迟，但是身体的发育是正常的。另外嗅觉缺失综合症、中枢神经系统的肿瘤、遗传性疾病都会引起闭经。
而继发性闭经，主要包括有精神应急性，包括环境的改变、过度紧张或者是精神打击抑制垂体促性腺激素的分泌，会导致闭经。另外慢性的疾病神经性厌食症、过度劳累、过度锻炼或者是运动或者是营养不良、体重过低也可以抑制GnRH的分泌，由此导致促性腺激素低下状态，导致闭经。另外女性的肥胖导致高胰岛素血症也是造成闭经的原因，再有就是药物性的闭经。