脊索瘤治疗非常困难，因为这种肿瘤位于颅底的深处，在斜坡的位置。这个位置的肿瘤很难切干净，所以一般是无法治愈的。在治疗以后出现复发的几率是非常高的，并且绝大多数都会出现复发，最终危及到生命。脊索瘤治疗办法包括手术治疗、放射治疗。
通过这些治疗方法能够使肿瘤缩小和延缓肿瘤的发展。虽然是无法治愈，但是能够延长生存的时间和改善生存质量。所以还是有必要积极的治疗的。另外，如果肿瘤已经造成了神经受压和损伤的话。除了上述这些治疗以外，还可以用一些营养神经药物来促进神经功能的恢复，并且对症处理缓解症状。