百草枯中毒会对肺造成影响。中毒后，百草枯会分布到全身各个组织器官。其中，肺组织和骨骼肌内浓度最高。
它的中毒机制尚不完全清楚，可在体内形成大量活性氧自由基及过氧化物离子，引起组织细胞膜脂质过氧化，导致肺泡上皮细胞受损，肺表面活性物质减少。
而且肺组织对百草枯还有主动摄取和蓄积的特性，所以可致肺损害严重，出现不可逆转的肺纤维化或呼吸衰竭。最终，患者多死于顽固的低氧血症，预后大多较差。除此以外，百草枯还可对接触部位造成腐蚀性损伤，引起多脏器衰竭等。