对于无症状的精囊结石，可不予治疗。但如果出现症状或梗阻加重，可对症治疗和抗感染治疗。
精囊结石合并前列腺增生，直径在1.2毫米以下者，经前列腺切除解除射精梗阻，有自行排出之可能。
如果内科治疗无效，症状较重，而已生育者，唯一有效的治疗方法是将精囊连同结石一并切除。对于未生育者，精囊结石致部分性输精管梗阻的患者，由于其睾丸生精功能仍正常，根据严重程度的不同，通过应用抗生素配合少量的激素治疗，可以使炎症消退。
精囊结石使输精管道梗阻严重者引起不能生育，可采用人工授精的方法。