临床上颅裂的治疗比较复杂，根据颅裂的部位不同，症状不同，治疗的方法和手段也不相同。对于一些轻度的隐形颅裂，没有明显的神经受压迫的症状，或者是神经功能受损伤的症状，这种情况下，有些可以暂时观察，如果症状不进行性加重，或者保持原样，不需要手术治疗。
而对于一些颅裂比较明显，神经功能损伤的症状非常显著的患者，需要及时的进行手术治疗，通过手术将膨出来的脑组织回纳入颅腔，严密的修补缝合硬脑膜。
有些还需要钛网修补缺损的颅骨，合并有脑积水，还需要做脑室腹腔分流手术，这样才可能治好颅裂。