肺结核的确诊一定要找到结核杆菌存在的依据。临床上通常通过痰培养、痰结核菌涂片来找结核杆菌，但其阳性率并不高，患者有时需要协同支气管镜的检查，例如对气管内面进行刷检找结核杆菌，有时还可行支气管镜的肺泡灌洗，对灌洗液进行培养来提高其阳性率。
对于可疑的肺结核患者经过上述检查仍不能明确时，患者还可以通过对肺部可疑病灶进行经皮肺穿刺的病理活检，当其找到肺结核的典型性的坏死性肉芽肿时亦可以确诊为肺结核。
故肺结核的确诊一定要通过相应的检查找到结核杆菌的存在，以及病理学的依据才能确诊肺结核。当然还可以协同患者的临床症状，以及相应的血液检查，来共同诊断肺结核。