巧克力囊肿在手术之后，之所以容易复发，主要是因为巧克力囊肿具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部，当子宫内膜脱落来月经的时候，异位在卵巢局部的病灶，也会出现出血的现象，所以就会形成囊肿。
当手术之后这种囊肿虽然被切除，但是具有活性的细胞，有可能并不能完全切干净。所以随着时间的推移，局部又会在来月经的时候出现出血的现象，所以往往会出现复发。
建议在手术之后要给予后续治疗，比如可以在宫内上入高效孕激素的节育环，抑制子宫内膜生长达到闭经的现象，这样异位症的病灶也不会再出现出血，减少了复发的可能性。