肛门偶尔有针扎刺痛感可能是肛裂引起的，特别是陈旧性肛裂。由于裂口长时间没有愈合出现发炎，炎性介质会刺激肛周神经，引起肛门有针刺样疼痛感，排便的时候会引起大便出血。
嵌顿痔也可导致肛门疼痛，偶尔出现针扎样感觉，伴有大便出血、肛门坠胀、肛门潮湿等症状。直肠息肉脱出经常受到摩擦，局部黏膜发生糜烂、破溃继发感染，也可导致肛门偶尔出现针扎样的刺痛感。
排除上述原因，也考虑与肛周湿疹有关。由于有较多的丘疹、水疱等，瘙痒剧烈时经常抓挠容易导致皮肤破溃引起感染，也可导致肛门有针扎刺痛感。