寻常疣和跖疣的区别在于被感染病毒的型号以及发病的部位。寻常疣和跖疣虽然都是人类乳头瘤病毒感染之后导致，但是寻常疣感染的病毒型号与跖疣感染的病毒型号并不相同。
因为人类乳头瘤病毒有一百多种分型，而从感染的部位角度考虑，寻常疣主要是长在手部或者是身体其他部位的一些疣体。表面呈现一种颗粒样的一些角化样的变化，一般孤立出现，少数可以散在分布。
而跖疣则是出现在脚底部位的病毒疣，这种病毒疣和寻常疣的区别在于表面可以见到一些黑色的小点。这些黑色的小点是坏死的毛细血管。