吃益生菌拉肚子大部分都是因为益生菌不耐受造成的，针对病情的不同治疗的方法也不同：
1.如果拉肚子情况比较轻微，需要及时暂停益生菌的服用，多不需要进行药物治疗。通过喝红糖水以及腹部热敷的方式进行缓解，能够很好改善拉肚子问题。
2.如果腹泻情况比较严重，在停止服用益生菌的同时，可以服用蒙脱石散等药物配合治疗，从而起到止泻的效果。另外，在此期间患者还需要保持液体的补充，多喝水、口服补液盐等方式防止脱水。