真菌性角膜溃疡可能会引起角膜浅表面的末梢神经疼痛，但是一般不会出现其他位置的神经痛。
角膜是含有丰富的感觉神经末梢的，属于三叉神经眼神经分支的一类。当角膜受到真菌感染，出现明显的破损或者溃疡时，会有明显敏锐的疼痛感，因此，真菌性角膜溃疡的患者都会自觉眼部疼痛明显，但是本病并不会引起其他位置的神经痛。
如果真菌性角膜溃疡继发青光眼，引起虹膜睫状体炎等并发症，也会有明显的眼痛，甚至头胀痛症状，但是并不是真菌性角膜溃疡疾病本身引起的。