怀孕后孕酮低是有影响的，在怀孕早期如果孕酮偏低，可能在检查超声时会显示在孕囊周围有液性的游离暗区，提示有宫腔积血的可能，甚至还会导致出现腹部隐痛，以及阴道少量出血等先兆流产的症状。
并且如果孕酮过低甚至小于5ng/ml的情况下，就有可能在怀孕早期出现胚胎停止发育，以及在怀孕的中晚期出现死胎的风险。
尤其对于既往有不良孕产史，或者在怀孕后出现先兆流产等症状的女性，需要及时复查孕酮。如果孕酮偏低，需要给予对应的孕激素来提高孕酮的浓度，以改变不良的妊娠结局。