如果婴儿败血症没有合并其它的脏器损伤，在治愈后是不会留下后遗症的。但如果婴儿败血症引起了多器官受损和功能障碍，经过治疗后可能会留下后遗症。
败血症主要是由于病菌侵入到人体的血液循环，在血液循环当中繁殖释放毒素使得全身的免疫功能下降，进而导致全身机体功能出现障碍。
当婴儿合并败血症时身体多个系统会表现出症状，最常见的有呼吸系统，可能会出现肺脓肿、肺大泡等引起高热、呼吸困难，如果累及神经系统，多会合并化脓性脑炎或脑膜炎，治疗不及时或者病情严重时，可能会继发精神、运动、发育迟缓的后遗症，严重的败血症可能引起感染性休克而危及生命。