头孢克肟是第三代头孢抗生素，抗菌谱广，副作用不是很多，一般也比较轻微。
最常见的是消化系统反应，容易引起恶心、呕吐、腹痛、腹泻、食欲不振、消化不良等胃肠道症状。也有少数患者有神经系统反应，如头晕、头痛、失眠等。偶见患者有过敏症状，如皮疹、皮肤瘙痒、荨麻疹等。
长期使用对肝脏也有一定的损伤，如出现转氨酶升高、胆红素升高等。这些副作用一般停药后可以缓慢自行消失，不用特殊处理。
头孢克肟最严重的不良反应就是导致过敏性休克，患者出现哮喘、血管神经性水肿、大汗淋漓、呼吸困难、面色潮红、血压下降等症状，这时需立即停药，采取措施进行抢救和治疗。