出现肛门直肠疼痛后，首先要到医院行专科检查，明确诊断然后再进行下一步的治疗。
肛门直肠的神经分布比较丰富，很多疾病都可以引起肛门直肠疼痛。最常见的引起肛门直肠而疼痛的疾病是痔疮，可以引起肛门肿物伴有疼痛，可以外用药物保守治疗，必要时行手术治疗。
当肛管被干结的粪便撕裂后便形成肛裂，可以引起排便时肛门撕裂样疼痛。新鲜的肛裂多数可痊愈，而陈旧性的肛裂需要进行手术治疗。肛周脓肿、肛窦炎及肛瘘等疾病属于感染性疾病，可以引起肛门肿胀疼痛。另外，直肠恶性肿瘤以及体积较大的直肠息肉，可以引起直肠坠痛不适。