灰指甲本身病程较长，所以应该坚持用药。一般情况手灰指甲病要2-3个月，而足趾甲的灰指甲需要3-4个月，甚至更长时间才能够治好。
治疗方面主要以选择抗真菌的药物治疗为主，由于外用药物不容易进入甲板和甲下组织，所以应该先选择一些软化指甲的药物，或者是用指甲锉进行磨磋病甲，然后再外用抗真菌的药物进行治疗。全身治疗一般选择服用伊曲康唑，进行间歇冲击疗法。
治疗灰指甲应该坚持用药才能够完全的根治，不能够灰指甲颜色改善就停止使用，容易导致疾病反复发作。在治疗期间也应该调整好心态，避免熬夜，适当的锻炼身体，提高身体自身的免疫能力。