幽门螺杆菌常用的药物是阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、林克霉素、盐酸左氧氟沙星等。
治疗幽门螺杆菌感染，首先是选择两种抗生素联合治疗效果好，但是临床上一般有幽门螺杆菌感染通常会合并有胃炎，所以常用的药是四联药，四联药是两种抗生素和抑制胃酸，再加上为黏膜保护的铋剂。
抑制胃酸的药通常是奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑，其中三选一。保护胃黏膜黏膜的药，一般是胶体果胶铋或者枸橼酸铋钾。建议幽门螺杆菌根除一定要按照疗程治疗，一个疗程14天，停药1个月后再复查是否幽门螺杆菌转阴。