阴茎变小首先要明确致病原因，然后再选择合适的治疗方案。比如常见的原因有肾亏，肾亏时阴茎会缩小，和频繁性生活、经常手淫有关，这时要服用补肾健肾的药物治疗。通常如果出现腰痛、腰困、性欲下降等症状时，可以服用锁阳补肾胶囊治疗。
假如是由于阴茎受到外力挤压或者长期处于心情低落状态时，也容易导致阴茎短小，这时阴茎部位血液循环不良，可以用毛巾进行热敷以促进血液循环，另外可以用手掌按摩。
如果是由于体质差营养不良导致的阴茎短小，这时一方面可以多食用一些高营养食物，另外还需要通过手术延长来改善短小。