感染尼帕病毒以后，大多出现明显发热、肌肉酸痛、头痛、倦怠、恶心、呕吐、疲惫、周身不适、咽喉肿痛、嗜睡、神志混乱等症状。严重者可能出现咳嗽、咳痰、呼吸困难、胸闷、气短、呼吸系统表现，甚至可能出现呼吸衰竭。
部分病人可能出现喷射性呕吐、剧烈头痛等脑炎的症状，也可能出现癫痫或者脑炎、昏迷等病情。
发病前有一定的潜伏期，由于每一个病人的体质状况不同，潜伏期时间长短也各有差异，大多数会在4~45天左右发病。