怀孕5周肚子有点隐隐作痛的原因有以下几种：
一、由于怀孕初期胚胎是极为不稳定的，5周腹痛极有可能是先兆流产或者宫外孕引起的。还要根据是否有阴道流血，结合彩超，以及血检来判断原因。
二、排除流产和宫外孕。5周肚子痛可能是子宫增大刺激到周围的骨骼，或者是激素的作用下引起的。这种属于正常生理现象，疼痛一般比较轻，多休息就可缓解疼痛的症状。
三、孕期抵抗力比较差。如果饮食结构不当，很有可能会引起肠胃疾病，就会出现肚子痛的症状。
孕早期不稳定因素有很多，一定要多休息，发现不适，及时就诊检查。