由系统性的红斑狼疮导致肾脏出现损害，称为狼疮性肾炎，狼疮性肾炎是一种继发性的肾小球疾病，所以系统性红斑狼疮是可以导致继发性的肾脏疾病。
如果单从临床表现方面，50%的系统性红斑狼疮可以导致肾脏损害，但是，如果从肾脏病理检查结果来看，几乎100%的系统性红斑狼疮多可以导致肾脏出现病理改变。狼疮性肾炎导致的肾衰竭，也是系统性红斑狼疮患者死亡的主要原因。
当然，系统性红斑狼疮除了引起肾脏损害以外，还会出现其他的器官、系统的病变，比如血液系统就会出现白细胞降低、贫血、血小板减少；可以出现关节疼痛、盘状红斑；还可以出现胸膜炎、心包炎等。