衣原体可以导致人体多个部位发生感染，不同部位的感染可以表现为不同的症状。有些患者会发生眼部的感染，患者可以出现眼睛流泪的症状，同时伴有眼睛部位的疼痛。
衣原体还可以导致患者发生呼吸道感染，呼吸道感染后可以出现咳嗽的症状，患者可以伴有发热，病情严重的患者可以出现呼吸困难。
衣原体还可以导致患者出现泌尿道的症状，患者可以表现为尿急、尿频、尿痛。女性患者还可以出现生殖系统的感染，患者可以表现为腹痛的症状。