男性生殖器畸形的治疗主要以手术治疗为主，中医治疗生殖器畸形没有效果。治疗方法主要包括：
1.先天性无阴茎畸形，对于此患者最好的治疗方案是转归为女性，建议通过做睾丸切除及外阴成形的手术治疗。
2.隐匿性阴茎畸形，这种情况要对患者进行综合性减肥治疗，在必要时可以进行阴茎成形手术，建议儿童患者应在青春期前完成手术。
3.双阴茎畸形，对于此种症状可保留患者粗壮的一侧而将另一侧切除。
4.大阴茎畸形，可对患者采用部分切除阴茎海绵体的缩小手术。
生殖器畸形有很多类型，由于类型不同，因此在治疗的时候选择的方法也不同。