在做上颌窦穿刺前，会在局部使用表面麻醉药，麻醉穿刺部位的黏膜，引起疼痛。但由于这种操作会戳破骨质，因此会有更深部的疼痛，这种疼痛是没有办法缓解的。
一般做完穿刺后会有轻微疼痛，这种疼痛是可以通过药物缓解的，可以口服解热镇痛的药物。常用的药物有布洛芬、贝诺酯等。
做完上颌窦穿刺后，要注意鼻部卫生，口服消炎药治疗。要清淡饮食、多饮水，合理休息，忌烟酒，避免进食辛辣刺激的食物。