隐孢子虫病主要从两个方面进行治疗：
第一，要给予患者抗感染的药物治疗，隐孢子虫对抗生素比较敏感，可以给予患者敏感的抗生素口服或者是静点，杀死人体感染的隐孢子虫，抗炎治疗是此病治疗的基础。
第二，要给予患者对症治疗，隐孢子虫病可以导致患者出现腹痛、腹泻的症状，发生腹泻的患者要及时进行补液，防止患者发生脱水和电解质紊乱。
大部分的患者经过积极治疗之后可以在3~5天内恢复正常，部分患者免疫力比较低下，治疗的时间可能会适当的延长。