虽然体外碎石术有其优点，但体外冲击波碎石术也有很大的副作用和风险。
首先，体外冲击波碎石术对肾脏和输尿管造成创伤性损伤，容易形成肾周血肿或肾出血。由于体外冲击波碎石术，大结石逐渐变成小结石，容易在泌尿系统，特别是输尿管中形成结石，容易引起输尿管狭窄或感染。
此外，长期冲击波碎石可导致输尿管粘膜增生和肿胀。虽然手术后结石被压出体外，但患者也可能造成继发性损伤，如输尿管内膜增厚和变窄，这很容易导致术后肾积水。因此，在选择体外冲击波碎石术时，必须根据实际情况采用合理的冷凝和适当的治疗。