急性肾盂肾炎是上尿路感染，这种感染会引起全身的炎症反应，个别患者细菌可以入学引起脓毒血症。但是急性肾盂肾炎经过恰当的治疗以后，大多数患者恢复良好，能够彻底治愈。
但是急性肾盂肾炎的患者，如果发生在年老体弱或者有很多心脑血管并发症的患者身上，有可能会造成感染扩散，造成败血症、感染性休克，甚至可能会导致患者死亡。
急性肾盂肾炎患者个别情况下，可能会造成肾周脓肿、肾乳头坏死等严重的并发症，不过这种情况相对比较少见。也有少数的患者，急性肾盂肾炎迁延不愈，最终无法得到彻底控制，而演变成慢性肾盂肾炎的情况。