肛瘘高低位的区分，主要以外括约肌深度为分界。如果肛瘘的瘘管到达括约肌深部以上的位置，则为高位肛瘘，在外扩肌以下的位置为低位肛瘘。
低位肛瘘一般只有一个内口，也只有一条瘘管，内口一般在肛窦附近，瘘管在括约肌深部下，采取肛瘘切除术可以达到治愈效果。
高位肛瘘通常有多条瘘管也有多个内口，走向比较复杂，管道会穿过括约肌深部以上位置。临床治疗一般需要采取肛瘘挂线术进行治疗，以免对肛门括约肌造成不必要的损伤，引起排便功能障碍。