肛瘘是不能用酒精消毒的。肛瘘做手术后会留下创伤面，而酒精具有一定的刺激性，会对伤口造成刺激引起剧烈的疼痛，所以手术后一般不用酒精进行伤口消毒。
通常用碘伏消毒，因为碘伏对皮肤的刺激性比较小。也可以用高锰酸钾坐浴进行局部消毒，每次消毒后要更换药物，并配合用红外线理疗，促进伤口的愈合。还要注意伤口的愈合情况，避免出现假性愈合。
除了做好伤口的消毒之外，还要注意饮食的调理，避免吃辛辣、刺激的食物，否则会刺激伤口，不利于伤口的愈合。可多食用膳食纤维丰富的蔬菜、水果，保持大便的软化通畅，避免便秘，对伤口造成刺激。