十二指肠溃疡典型的症状是烧心和反酸以及上腹部疼痛，疼痛主要是空腹疼，进食后可以稍有缓解。如果不规范治疗的话，以上这些症状不会缓解并且会有加重。另外十二指肠溃疡如果比较大、比较深，还有发生出血以及穿孔的可能，消化道出血是十二指肠溃疡比较常见的并发症。一旦发生病人主要表现为黑便甚至是呕血，出血量比较大时，患者可以因为血容量的减少而引起头晕、眼花、全身无力、口渴、心悸甚至是血压下降，或者是发生晕厥甚至休克。严重的病人发生十二指肠溃疡出血以后甚至会导致死亡。
另外，如果十二指肠溃疡比较深，溃疡穿透浆膜层达到游离腹腔，也就是发生了急性穿孔。急性穿孔的时候由于十二指肠的内容物流入到腹腔。会导致病人出现急性弥漫性腹膜炎。临床上主要表现为病人突然出现剧烈的腹痛。腹痛常常起始于右上腹部或者是中上腹部，持续而且较快的蔓延到脐周、甚至是全腹部。一旦发生穿孔应该外科手术治疗，反复发作的十二指肠溃疡，还有并发梗阻的可能。所以，一旦确诊十二指肠溃疡应该规范系统的对症治疗。