阴茎癌首选手术切除。手术切除后，依据有无腹股沟淋巴结转移、是不是晚期阴茎癌等，术后化疗的疗程是不同的。目前，辅助化疗应用范围广，常用的药物有氟尿嘧啶、紫杉醇等。
对于合并单个浅表腹股沟淋巴结转移的患者行辅助化疗，均没有发现复发。对于伴有双侧腹股沟淋巴结转移的患者，辅助化疗后有一半以上的复发。
晚期的阴茎癌需要行联合化疗，但是有研究表明，这种化疗方式有剧烈的毒性，而且疗效一般，且术后发生复发的几率一般很高，一般是不推荐使用这种方式。