小儿疱疹性角膜结膜炎的治疗，主要是以抗病毒和对症治疗为主。
在临床上小儿疱疹性角膜结膜炎，主要是因感染单纯疱疹病毒而发病。在治疗方面首先应给予抗病毒治疗，例如可结合具体病症给予更昔洛韦、阿昔洛韦眼药水或者眼药膏。对于部分病情严重或者反复发作的患者，还需配合口服性抗病毒药物。
对于存在明显角膜上皮破损，或者角膜基质炎症状的患者，还要给予修复角膜上皮的眼部用药。例如重组人表皮生长因子滴眼液等，必要时还需要进行手术干预。