晚上睡觉肛门瘙痒最常见的原因就是肛周湿疹，属于肛门周围皮肤变态反应性疾病，主要表现肛门周围剧烈的瘙痒。患者在反复抓搔的过程中，会造成肛周皮肤局部损伤，也会伴有细菌或者真菌的感染，久而久之会导致肛门周围皮肤苔藓样变。
也有可能是寄生虫病，例如蛲虫病或者蛔虫病，夜间寄生虫会到肛周排卵，从而会刺激肛门周围皮肤引发瘙痒症状。
另外，肛门周围其他的一些常见疾病也会导致肛门瘙痒，例如痔疮、肛瘘、肛裂、肛乳头瘤等疾病。所以患者需要及时去医院就诊，明确原因后再采取相应的治疗。