刚出生不久的婴儿会患上脑膜炎的两个重要原因就是，婴儿的免疫系统发育不完善所致的免疫功能低下。另一个就是婴儿的血脑屏障功能还不完善，血脑功能差，不能有效地抵御细菌、病毒等致病微生物的入侵。
引起新生婴儿出现脑膜炎的病原体常见来源途径主要有以下几个方面，肠道病毒感染，最常见的是引起手足口病的柯萨其病毒。脑膜炎奈瑟菌，这是脑膜炎最常见的病原体之一。
还需要注意的是，跟婴儿最接近的人做的一些亲密动作也会将病原体传染给婴儿，比如不要嘴对嘴亲。