如果确诊是胆结石导致了胆汁反流，除了可以使用一些抑酸护胃、促进胃肠蠕动的药物之外，需要着重对胆结石进行处理，解除病因。
对于胆结石的治疗，根据胆结石的大小、位置、数量、性质以及是否合并感染，或肝损害等并发症进行对症治疗。胆结石可以选择药物治疗，比如应用一些排石和溶石以及保肝的药物。但是药物治疗效果较缓慢，对于数量较多、较大的结石，效果也不是很理想。
目前临床上对于胆结石主要以手术治疗为主，方式包括腹腔镜下胆囊切除术、胆管切开取石术、肝部分切除术等。