早晨起来眼睛肿、脸肿的原因如下：
1.肾小球肾炎。比如急性肾炎患者，由于肾小球滤过率降低，水和钠在体内潴留，容易出现水肿。水肿的部位主要是在眼睑、颜面部，这些部位的组织间隙蛋白含量高，所以早晨起床水肿更加明显。严重者双下肢也会出现水肿，通常还会伴随血尿，尿中以畸形的红细胞为主，有些患者会出现腰酸、乏力等。所以当患者有这些症状时，一定及时进行尿液检查，明确诊断。
2.睡前饮水过多、长期低枕头睡觉，或者熬夜、睡眠质量差等，都可以引起早上眼睛和脸部出现肿胀。