早上刷牙恶心干呕，有可能慢性咽炎，也有可能是其他因素引起的。慢性咽炎典型的症状就是咽喉有异物感，总感觉咽喉有黏液附着，经常清嗓子。早上刷牙时，触碰到咽喉的神经引起反应，导致恶心、干呕。
反流性食管炎的患者，因为食管的黏膜受到胃酸刺激，长期处于充血状态，局部的黏膜应激反应性增高，刷牙时也可导致恶心、干呕。慢性胃炎、胃溃疡等胃部疾病，也可出现恶心、干呕等症状。
此外，育龄女性在怀孕早期，由于体内激素的变化，也可以引起早上刷牙恶心、干呕的症状。